Ubicación
Situada aproximadamente en el sur de la comarca del Páramo Leonés, a una altitud de 778 msnm. Su término municipal limita al norte con Pobladura de Pelayo García y Villademor de la Vega; al sur con Ribera de la Polvorosa, Grajal de Ribera, La Antigua y Cazanuecos; al este con Toral de los Guzmanes, Algadefe y Villamandos; al oeste con Villaestrigo y Zotes del Páramo.

Relieve
Laguna de Negrillos, se asienta en una zona predominantemente llana, como toda la comarca del Páramo Leonés.

Clima
El clima de Laguna de Negrillos es mediterráneo continentalizado, si bien está algo suavizado en los veranos por la cercanía a la cordillera Cantábrica.
Las precipitaciones están repartidas, como es habitual en el clima mediterráneo continental, de forma muy irregular a lo largo del año, con mínimos en la época estival y máximos durante primavera y otoño.

Ríos
La localidad está situada muy cerca de los ríos Órbigo y Esla, pasando por el mismo un pequeño arroyo, llamado "Regueral". Cabe destacar la presencia de alguna laguna como la "Laguna Jimena" que es una fuente natural que se encuentra a unos 200 metros del pueblo y que aún se puede ver. En el pasado han existido otras lagunas naturales próximas a la localidad y que han ido desapareciendo con el paso del tiempo debido a la urbanización.

Vegetación
Las especies que constituyen la vegetación natural del municipio son: árboles como el chopo y la encina también ahora los pinos, adaptados a todos los suelos suelen ser adaptados a esta zona. Entre los árboles, abundan los arbustos y plantas herbáceas.
El chopo, agrupándose en torno a un curso de agua como es el Reguero. Los chopos en esta zona no desarrollan sus típicas características de alto, esbelto y lleno de hojas, debido a la escasez de agua, son por el contrario de una altura media, débiles y con un bulto de hojas considerable.
La encina debido a las constantes ampliaciones de tierras roturadas que a lo largo de los años han venido realizándose, han llegado a casi desaparecer.
En cuanto a otros árboles hay que mencionar el olmo negrillo (Ulmus minor), con una altura aproximada de entre 15 y 20 metros, tronco recto de corteza gruesa y hojas simples, dentadas y asimétricas. Esta especie prácticamente se está extinguiendo desde los años 70-80 del siglo pasado debido a la enfermedad fúngica de la grafiosis, que arrasa con ellos en toda la península ibérica. Unos pocos sobreviven con grandes portes, las olmas, y otros pocos como olmedillas por regeneración vegetativa de las raíces del olmonegrillo que perdió el porte grande.